CoproID predice el origen del CRAP antiguo
Ciencia y Educacion 17.04.2020 a las 22:10 hs 436 1
El nuevo método para distinguir las fuentes de excrementos antiguos hace que este hallazgo arqueológico sea mucho más informativo
El registro arqueológico está lleno de estiércol, una potencial mina de oro para comprender la salud y la dieta de los antiguos, la evolución de los parásitos y la ecología y evolución del microbioma. El principal problema para los investigadores es determinar de quién son las heces que están siendo examinadas. Un estudio reciente publicado en la revista PeerJ, dirigido por Maxime Borry y Christina Warinner del Instituto Max Planck para la Ciencia de la Historia Humana (MPI-SHH), presenta "CoproID: un método fiable para inferir las fuentes de las heces pálidas".
El aprendizaje por máquina permite una clasificación confiable
Después de miles de años, la fuente de un determinado pedazo de crap puede ser difícil de determinar. Distinguir las heces humanas y las de los perros es particularmente difícil: son similares en tamaño y forma, se encuentran en los mismos sitios arqueológicos y tienen composiciones similares. Además, los perros estaban en el menú de muchas sociedades antiguas, y nuestros amigos caninos tienen una tendencia a hurgar en las heces humanas, lo que hace que las pruebas genéticas simples sean problemáticas, ya que tales análisis pueden devolver el ADN de ambas especies.
Con el fin de acceder a los conocimientos contenidos en las heces de los paletos, los investigadores desarrollaron el coproID (identificación de coprolitos). El método combina el análisis del ADN del antiguo huésped con un programa informático de aprendizaje de máquinas formado en los microbiomas de las heces modernas. Aplicando el coproID tanto a los conjuntos de datos recién secuenciados como a los publicados anteriormente, el equipo de investigadores del MPI-SHH, la Universidad de Harvard y la Universidad de Oklahoma pudo predecir de manera fiable las fuentes de las antiguas heces, demostrando que una combinación del ADN del huésped y las distintas colonias de microbios que viven en el interior de los seres humanos y los perros permiten distinguir con precisión sus heces.
La capacidad de clasificación proporciona una visión de la salud digestiva
"Un hallazgo inesperado de nuestro estudio es la constatación de que el registro arqueológico está lleno de caca de perro", dice la profesora Christina Warinner, autora principal del estudio. Pero Warinner también espera que el coproID tenga aplicaciones más amplias, especialmente en los campos de la ciencia forense, la ecología y las ciencias microbianas.
La capacidad de identificar con precisión el origen de las heces arqueológicas permite la investigación directa de los cambios en la estructura y función del microbioma intestinal humano a lo largo del tiempo, lo que los investigadores esperan que proporcione una visión de las intolerancias alimentarias y una serie de otras cuestiones relacionadas con la salud humana. "Identificar los coprolitos humanos debería ser el primer paso para el análisis de los antiguos microbiomas humanos", dice el primer autor del estudio, Maxime Borry.
"Con datos adicionales sobre los metagenomas intestinales de los perros rurales no occidentalizados, podremos clasificar mejor las heces de los perros más antiguos como si fueran caninas, en lugar de 'inciertas'", añade Borry. A medida que el catálogo de datos sobre los microbiomas humanos y caninos crezca, el coproID seguirá mejorando sus clasificaciones y ayudando mejor a los investigadores que se encuentren con heces pálidas en una serie de contextos geográficos e históricos.
El registro arqueológico está lleno de estiércol, una potencial mina de oro para comprender la salud y la dieta de los antiguos, la evolución de los parásitos y la ecología y evolución del microbioma. El principal problema para los investigadores es determinar de quién son las heces que están siendo examinadas. Un estudio reciente publicado en la revista PeerJ, dirigido por Maxime Borry y Christina Warinner del Instituto Max Planck para la Ciencia de la Historia Humana (MPI-SHH), presenta "CoproID: un método fiable para inferir las fuentes de las heces pálidas".
El aprendizaje por máquina permite una clasificación confiable
Después de miles de años, la fuente de un determinado pedazo de crap puede ser difícil de determinar. Distinguir las heces humanas y las de los perros es particularmente difícil: son similares en tamaño y forma, se encuentran en los mismos sitios arqueológicos y tienen composiciones similares. Además, los perros estaban en el menú de muchas sociedades antiguas, y nuestros amigos caninos tienen una tendencia a hurgar en las heces humanas, lo que hace que las pruebas genéticas simples sean problemáticas, ya que tales análisis pueden devolver el ADN de ambas especies.
Con el fin de acceder a los conocimientos contenidos en las heces de los paletos, los investigadores desarrollaron el coproID (identificación de coprolitos). El método combina el análisis del ADN del antiguo huésped con un programa informático de aprendizaje de máquinas formado en los microbiomas de las heces modernas. Aplicando el coproID tanto a los conjuntos de datos recién secuenciados como a los publicados anteriormente, el equipo de investigadores del MPI-SHH, la Universidad de Harvard y la Universidad de Oklahoma pudo predecir de manera fiable las fuentes de las antiguas heces, demostrando que una combinación del ADN del huésped y las distintas colonias de microbios que viven en el interior de los seres humanos y los perros permiten distinguir con precisión sus heces.
La capacidad de clasificación proporciona una visión de la salud digestiva
"Un hallazgo inesperado de nuestro estudio es la constatación de que el registro arqueológico está lleno de caca de perro", dice la profesora Christina Warinner, autora principal del estudio. Pero Warinner también espera que el coproID tenga aplicaciones más amplias, especialmente en los campos de la ciencia forense, la ecología y las ciencias microbianas.
La capacidad de identificar con precisión el origen de las heces arqueológicas permite la investigación directa de los cambios en la estructura y función del microbioma intestinal humano a lo largo del tiempo, lo que los investigadores esperan que proporcione una visión de las intolerancias alimentarias y una serie de otras cuestiones relacionadas con la salud humana. "Identificar los coprolitos humanos debería ser el primer paso para el análisis de los antiguos microbiomas humanos", dice el primer autor del estudio, Maxime Borry.
"Con datos adicionales sobre los metagenomas intestinales de los perros rurales no occidentalizados, podremos clasificar mejor las heces de los perros más antiguos como si fueran caninas, en lugar de 'inciertas'", añade Borry. A medida que el catálogo de datos sobre los microbiomas humanos y caninos crezca, el coproID seguirá mejorando sus clasificaciones y ayudando mejor a los investigadores que se encuentren con heces pálidas en una serie de contextos geográficos e históricos.
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